Manhattan suit les scientifiques brillants, mais imparfaits, impliqués dans la plus grande course contre la montre de l'histoire de la science, la construction, clandestine, de la première bombe atomique du monde à Los Alamos, Nouveau-Mexique. Les scientifiques et leurs familles tentent de co-exister dans un monde où secrets et mensonges s'introduisent dans chaque aspect de leur vie.