Dans un futur lointain, dans un monde qui mélange des images modernes high-tech et des références classiques japonaises, le jeune Lapin Samouraï, Yuichi, descendant du grand guerrier Miyamoto Usagi, débute une quête épique pour devenir un véritable samouraï. Mais il n'est pas seul ! Il est à la tête d'une équipe hétéroclite de héros - dont un chasseur de primes espiègle, un ninja rusé, un pickpocket acrobatique et un fidèle lézard de compagnie - tout en affrontant des ennemis en tout genre et des monstres d'une autre dimension.