Cet anime est une adaptation du jeu sur smartphone Chain Chronicles. Phoena est une jeune fille amnésique mais déterminée qui possède un étrange livre magique. Ce dernier serait, selon certaines rumeurs, capables de détruire le monde, mais Phoena est persuadée qu'il peut aussi le sauver. Elle va alors entreprendre un voyage avec de nombreux compagnons pour se rendre à la Bibliothèque de l'Arbre où elle espère trouver des réponses à ses questions.